治疗急性尿道炎采用抗生素与化学药物联合应用，疗效较好。近来氟哌酸与磺胺药物联合应用，临床效果满意。全身治疗应注意休息，补充足够液体。在急性期间，应避免性生活，否则会延长病程。慢性尿道炎治疗期间，若尿道外口或尿道内有狭窄，应作尿道扩张术或尿道外口劈开术。对长期反复发作，全身用药效果不明显的慢性后尿道炎患者，可考虑尿道局部用药。
患者若有尿路刺激征，经常规抗菌治疗无效，且除外有复杂因素存在时，应考虑为支原体、衣原体或病毒感染，可首先使用四环素治疗。对四环素若有耐药性，则可改用红霉素、甲基红霉素或罗红霉素等。以上药物对支原体、衣原体有效。若经上述治疗仍无效，则可能为急性尿道综合征。
此外，尿道炎患者在治疗期间一定要注意以下13点：
(1)治疗期间不许饮酒。
(2)性伴侣如有感染应同时治疗。经治疗，病人的症状持续存在，或症状消失后又复发，最可能的原因是性伴侣未经治疗。未经治愈与性伴侣性交，病菌由未经治疗的性伴侣再次传给患者。须知有40%的非淋菌性尿道炎患者是没有任何症状。所以不但患者本身要治疗，其性伴侣也应接受预防性的药物治疗。
(3)患者是否按时、按量治疗。因为非淋菌性尿道炎的治疗不同于淋病能做到短期足量治疗，而且服药次数多，持续时间长，患者容易因公因事而忘记服药，或者1~2天后基本消失而停服，影响疗效或复发。此时不要急于改换药物。
(4)由于目前有多达45%的淋病患者在感染淋球菌的同时也感染衣原体和支原体，因此，在治疗淋病时，可采取同时治疗非淋菌性尿道炎联合方案。
(5)当完成一个疗程后应进行随访。
(6)对于已经多所医院治疗而未愈的患者，要详细了解病情和疗程，若按正规疗法而无好转或无效者，应改换另一种方法，甚至联合治疗。联合治疗时一般不要用同类抗生素。
(7)若证实为沙眼衣原体尿道炎患者，再次治疗时把疗程延长到4—6周可效。
(8)已有不少报告分解尿素支原体对四环素有耐药性，若疑属于这种情况，则及时用其他抗生素。
(9)如果患者尿道炎反复发作，应警惕并发症，如前列腺炎等，应做相应的细菌学查，并及时治疗。
(10)有条件的医疗单位，应对每一患者尤其是复发者做详细的临床和细菌查，并进行针对性的治疗，这样才能彻底治愈。
(11)临床表现与非淋菌性尿道炎的症状不相符合，且化验没有查出病原体，考虑是否为神经过敏症，此时要解释、安慰并使用镇静药物，经临床应用博乐欣效果较好。
(12)若为滴虫、霉菌或其他少见病，尤其是霉菌性尿道炎，不能一味加用素，否则对患者危害更大，应查清后对症治疗。
(13)非淋菌性尿道炎治疗时不应滥用抗生素，如绝大多数青霉素药物对衣原体、支原体均无效，一般不应使用。磺胺对衣原体有效而对支原体均无效，链霉素大观霉素对衣原体无效对支原体有效，庆大霉素、新霉素、多粘菌素对衣原体无效。
